其实早在2000年8月，中国数学会教育工作委员会曾举办座谈会，专门邀请部分院士、数学专家对当时的新课标征求意见稿进行讨论。正是在这次座谈会上，一些数学家对课程标准提出了较为尖锐的批评。2001年7月《全日制义务教育数学课程标准(实验稿)》(以下简称新课标)正式推出后，这些批评意见并没有停止。

批评的焦点之一是新课标对欧氏几何(平面几何)等注重推理证明的数学内容的处理。考虑到学生的学习兴趣、接受能力等，新课标用“空间与图形”替代了“平面几何”。不少数学家却认为，作为训练学生逻辑思维的主要内容，欧氏几何在新课标中应该得到加强。清华大学萧树铁说，在我国的传统文化中，逻辑思维一直比较薄弱，数学(尤其是欧氏几何)在这方面的训练是大有可为的。但新课标里欧氏几何“几乎消失了”，就连“逻辑”这两个字在百余页的新课标中也只出现过两次。著名数学家陈省身2002年接受采访时更强调，中学一定要讲欧氏几何，几何推理的部分不能取消，整个数学就是建立在推理之上的。

批评的焦点之二是新课标较多采纳了心理学、教育学专家的意见，对数学教育的改革“有点革命的味道”。一些数学家认为，数学教育只能改革，不能革命，否则社会、教师都无法接受。例如，对于新课标中强调的加强应用数学的意识，中山大学徐远通认为，数学在义务教育阶段不必引入太多的应用内容，以免让学生眼花缭乱而掌握不到数学的科学实质。数学应由它的简洁、明确、强烈的规律性来引起学生的好奇心和学习兴趣，而不是用繁杂的事例来灌输知识。

更有数学家对新课标制订的时机本身提出质疑。美国加州大学伯克利分校教授、著名华裔数学家项武义就认为，中国数学教育的最大弊端是教师培训，改革的突破口也是教师培训，要先有一套好的师资培训教材，再有一套实验教材，再有统一的标准，“现在的路子走反了。”